蔬菜生产未来的发展，使用微生物农药是一个大方向。微生物农药是生物农药中主要的一大类。具有专一性强、毒性低、对天敌生物、对环境友好特点，是生产无公害蔬菜优先选用的农药品种。用于大棚蔬菜生产的微生物主要包括以下三类：
是细菌类微生物农药
苏云金杆菌是目前应用为广泛的品种，占到全部微生物农药使用量的绝大部分，可用于防治小菜蛾、菜青虫、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾、茶毛虫、茶尺蠖、棉铃虫、玉米螟、苹果巢蛾等多种鳞翅目害虫。
多粘类芽孢杆菌可用于防治番茄、辣椒、茄子青枯病、黄枯萎病、炭疽病、疫病、软腐病等等。试验结果表明，多粘类芽孢杆菌具有两大功能：1.通过灌根可防治植物细菌性和真菌性土传病害，同时可使植物叶部的细菌和真菌病害明显减少；2.对植物具有明显的促生长增产作用。
枯草芽孢杆菌可用于防治黄瓜白粉病、草莓白粉病和灰霉病等，还可用于调节蔬菜生长、起到增产作用。
第二类是真菌类微生物农药
白僵菌也是应用较多的一类微生物农药，可用于防治白粉虱、烟粉虱、蛴螬等多种害虫，非常适合保护地害虫防治。与其同类型的还有绿僵菌、黑僵菌等。
木霉菌可用于防治黄瓜灰霉病和霜霉病、西瓜立枯病和青枯病等。能消灭耕层病菌及害虫，并改良土壤，破除板结，提高土壤通透性及根系供氧量，可抑制多种植物真菌病，如根腐病、立枯病、猝倒病、枯萎病等土传病害。木霉菌剂还有一定的防治根结线虫的效果。比较的有哈茨木霉菌、绿色木霉菌等等。
第三类是病毒类微生物农药
目前发现对昆虫有致病力的病毒有300多种，可使200多种鳞翅目害虫感染带毒，常用的病毒有三种：
1、核形多角体病毒。喷在植物上，被昆虫取食后，经胃液消化，游离出棒状病毒粒子，通过胃（肠）皮细胞进入体腔，在昆虫细胞核内复制增殖，感染病毒的昆虫约10天左右即可死亡。如斜纹夜蛾核型多角体病毒可用于防治十字花科蔬菜等多种作物斜纹夜蛾。
2、质形多角体病毒。喷在植物上，被昆虫食后，在昆虫的细胞质内形成圆形病毒粒子，被感染的昆虫，约10-20天死亡。
3、颗粒病毒。喷在植物上，被昆虫食后，约4-5天死亡。如小菜蛾颗粒体病毒可用于防治十字花科蔬菜小菜蛾。
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